我的世界神奇宝贝并非联合推出的独立作品，而是玩家利用模组技术把《精灵宝可梦》元素融入《我的世界》后形成的非衍生内容，核心玩法是在方块沙盒世界中结合宝可梦的收集、养成与对战，手机端要通过特定途径安装模组才能游玩。
1、海量丰富的宝可梦种类正等待着玩家前去捕捉，每一只宝可梦都拥有其独特的技能与属性，玩家能够自由进行搭配来组建专属队伍。
2、广阔地图和多样地点供自由探索，不同区域出现的宝可梦类型各不相同。
3、多种NPC角色和挑战任务，让玩家在切磋与冒险中不断提升实力和策略能力。
4、道具多样化选择，宝可梦培养自由度高，让你打造专属的最强训练师体验。
宝可梦的收集与养成玩法中，游戏内不同的生态环境会孕育出对应属性的宝可梦，例如森林区域常见草系、虫系宝可梦，水域地带则以水系宝可梦居多。玩家开局时可以从不同地区的初始宝可梦（御三家）中进行选择，比如关都地区的小火龙、丰缘地区的木守宫等。在捕捉野生宝可梦时，需要先降低其体力值，而且不同类型的精灵球有各自适用的场景——触网球更适合捕捉水系和虫系宝可梦，黑暗球在洞穴环境中的捕获率更高。此外，宝可梦能够通过战斗提升等级并进化，部分宝可梦还能触发特殊的进化形态，充分满足玩家的收集与养成需求。 沙盒建造玩法支持打造专属场景：玩家不仅可以像游玩原版《我的世界》那样收集资源建造房屋，还能打造与宝可梦主题相关的特色建筑。例如，用金块和玻璃搭建可以恢复宝可梦状态的精灵中心，用铁块和红石制作能够存取宝可梦的电脑终端，甚至可以建造化石复活机来复活古代宝可梦，让建造玩法与宝可梦主题深度融合。
游戏还原了宝可梦系列经典的道馆与联盟挑战玩法：地图里会随机出现8个属性各异的道馆，每个道馆都有3到5名训练师和馆主驻守，击败馆主就能拿到对应的徽章；集齐8枚徽章后，便可解锁冠军联盟的挑战权限，完整体验从入门训练家一路成长为顶尖强者的进阶历程。另外，部分模组还新增了Z招式、Mega进化等特色系统，让战斗的策略深度与视觉观赏性得到进一步提升。
联机互动方面，游戏支持本地局域网联机和在线服务器联机两种模式：本地联机时，主机开启局域网功能后，处于同一WiFi环境下的玩家就能加入游戏；在线联机则可以连接PokéWorld等专用服务器，玩家既能和其他训练家交换宝可梦、组队对战，也能共享建造资源与捕获宝可梦的经验技巧。
模组搭配上，手机端常用的模组包括Pixelmon Generations和Cobblemon等：前者收录了第8世代的宝可梦，后者则针对手机端优化了运行性能，同时支持Mega进化；搭配OptiFine模组能有效提升游戏的运行流畅度，JEI物品管理器则可以帮助玩家快速查询道具合成配方，大幅降低了游戏的上手难度。
