《口袋妖怪珍珠》属于第四世代的口袋妖怪系列作品，在这款游戏里，玩家将开启一段全新的冒险故事。你会来到神奥地区，这里有许多从未见过的口袋妖怪等待你去收集。游戏初始，你可以从全新的御三家——小火猴、波加曼和树苗龟中选择一只作为伙伴。神奥地区还存在着传说中的口袋妖怪帝牙卢卡与帕路奇犽，它们分别掌控着时间与空间的力量。你的目标是收集神奥地区的所有口袋妖怪，成为该地区的冠军，并粉碎银河团的邪恶阴谋。
口袋妖怪珍珠的故事设定在一片全新的大陆，然而其中收录的口袋妖怪均来自过往的作品。杉森建提到，开发者们目前正计划在这两款游戏里引入全新形态的口袋妖怪，同时也在构思现有口袋妖怪的新进化形态。尽管这两款游戏不会增添新的口袋妖怪，但可以通过合成两种口袋妖怪来获得新的口袋妖怪。电影里的口袋妖怪也会在游戏中登场，而且据说会给玩家带来不少惊喜。
故事围绕一位新人宝可梦训练家展开，讲述他收集、训练宝可梦并朝着宝可梦联盟冠军的目标前进的历程。其中可供选择的初学者宝可梦包括炎系的小火焰猴、水系的波加曼和草系的草苗龟。和宝可梦系列的多数作品一样，故事里设有八位专精特定属性的道馆训练家，他们负责为表现出色的新人训练家颁发道馆徽章——这是推动剧情发展的关键要素。与此同时，主角还需对抗银河团这一敌对组织，他们企图将所在地区改造为乌托邦。
