《宝可梦 珍珠》属于第四世代的宝可梦系列作品，本作带来了完全崭新的原创剧情。玩家会踏上神奥地区的土地，这片区域里有大量从未登场过的宝可梦等待玩家前去收服。冒险启程时可供选择的初始宝可梦是全新的御三家组合：烈焰猴的初始形态小火猴、波皇子的初始形态波加曼以及土台龟的初始形态树苗龟。本作还登场了传说中分别执掌时间与空间权能的传说宝可梦帝牙卢卡与帕路奇亚。玩家的核心目标是集齐神奥地区全部的宝可梦，登顶成为神奥地区的联盟冠军，同时粉碎邪恶组织银河团的险恶阴谋。
《宝可梦 珍珠》的故事舞台设定在一片全新的大陆上，不过本作里收录的宝可梦全部都来自系列此前的旧作。杉森建曾透露，开发团队当时正商讨计划在这两部作品里加入拥有全新形态的宝可梦，同时也在构思为已有的宝可梦设计全新的进化形态。尽管这两部作品都不会追加全新的宝可梦种类，但支持将两只不同的宝可梦融合生成全新的宝可梦。登场于系列电影中的宝可梦也会在本作中亮相，据说还会为玩家带来不少意料之外的趣味内容。
故事的核心脉络是一名刚踏上旅程的新手宝可梦训练家，一路收集各类宝可梦、打磨自己的宝可梦战力，最终向着宝可梦联盟冠军的目标冲刺。这里提供给新人挑选的初始宝可梦分别是炎属性的小火焰猴、水属性的波加曼以及草属性的草苗龟。和宝可梦系列的多数作品设定相近，故事里安排了八位专精特定属性的道馆训练家，他们的职责是给表现出色的新人训练家颁发道馆徽章，而这些徽章正是推进整条故事线的关键要素。与此同时，主角还得全力捣毁银河团的阴谋——这个敌对组织妄图把整片地区改造成他们构想中的乌托邦。
